菲律宾附近海域安全情况的变化，让船运业颇为头痛。路透社说，“新的‘海盗热点’出现，迫使船运企业改变航线，成本也因此上升，他们需要花更长时间才能将诸如澳铁矿石等商品运往亚洲主要目的地”。

　　德国汉堡OskarWehr船运公司驻新加坡租赁业务经理本尼迪克特·布鲁格曼表示，“无论是空船还是满载货物的船只，如今我们都正尽最大努力避开苏禄海，以免将船只和船员置于险境。这非常令人痛心。”船运行业高管表示，目前至少已有6家船运公司的船只正在绕开这片海域航行。“如今，我们所有从澳大利亚驶往中国和东北亚的船只都在经过菲律宾东部海域航行，这是主动预防遭到海盗攻击的举动”，台湾船运企业裕民航运总经理如是说。美国商业内幕网站称，这样绕道的话，从位于西澳的主要铁矿石港口黑德兰港通往东北亚需要约14天半航程，比以往增加半天时间。尽管每艘船每天增加的约300美元燃油费并不算多，但日积月累下来，将使其付出巨额成本，这对原本就已受困于极低利润率的航运业来说，无异于雪上加霜。

　　虽然菲律宾南部海域的状况堪忧，给船员安全、船运带来严重影响，不过就“新索马里”一说，接受《环球时报》记者采访的菲律宾人和中国专家都持谨慎态度。“尽管存在非法活动，但很难将菲律宾与索马里相比。”菲律宾媒体人梅洛·阿库纳对《环球时报》记者说，该海域存在不安全因素，是因为它位于“可渗透”的三国边界之间。今年菲律宾是东盟轮值主席国，菲有机会在东盟内部组成“统一战线”应对该问题。

　　苏浩认为，“菲南部海域的状况远不至于像索马里那样严重。一方面，索马里此前的恶劣情势有国家政府的低效和失败的原因，而菲政府始终在努力打击南部海域的恐怖势力;另一方面，这里的恐怖分子主要针对的是菲律宾国内，对外的袭击不是非常突出。”